Klâsik Türk Mûsıkîsi’nin dehâlarından olan Mehmed Zekâî Dede 1825 yılında Eyüp’te doğdu. Babası Cedid Ali Paşa Mescidi’nin imamı Süleyman Hikmeti Efendi, annesi Ziyneti hanımdır. Babası, Lâl’î-zâde Abdülkadir iptidâi (ilkokul) mektebinde hat hocası ve iyi bir hattattı. Zekâî Efendi de bu okula devam ederek babasından hat sanatını amcasından Kur’ân öğrenmeye başladı. Sesinin güzelliğiyle dikkatleri üzerine çekmişti. 19 yaşına geldiği zaman iyi bir hafız idi.

Babasından da hat icâzetnamesi aldı. Bu icâzetnamede babasından başka Mustafa Rakım, Mehmed Râşid, Eyüp Sultan hatibi Mustafa İzzet, Nakşibendî Mustafa Hilmi, Mehmed Emin Zihnî Efendi gibi hattatların imzaları vardı. Balıklı Hoca Ali Efendi’ye devam ederek medrese dersleri gördü. Aynı yıllarda, Eyyûbî Mehmed Bey’den mûsıkîye başladı. Bir yıl kadar ders aldı. Sonra Kazasker Mustafa İzzet Efendi’den Sülüs ve Nesih yazılarını da öğrendi. Eyyûbî Mehmed Bey’e bir yıl devamdan sonra ilâhîler ve şarkılar bestelemeye başlayan Zekâî Efendi’yi Dede Efendi’ye götüren hocası sayesinde Zekâî Efendi, 1844.Temmuz-1845.Mayıs tarihleri arasında Hammamîzâde İsmail Dede gibi çok büyük bir mûsıkîşinas ve bestekârdan meşk etmek fırsatını buldu. 1845 yılında Mısır’a gitti prensin sarayında daire müdürlüğü ve ayrıca mûsıkî hocalığı ve şefliği görevlerini üstlendi. 1868 yılında Mevlevî tarikatına girdi. 1883′de Dar’üş-Şafaka’ya mûsıkî hocası oldu ve bu görevine 14 yıl devam etti. 1884′ de Bahariye Mevlevîhânesi kudümzenbaşılığı Arif Dede’nin vefâtı ile boşalınca Zekâî Efendinin öğrencisi olan Hüseyin Fahreddin Dede’nin teklifi ile Zekâî Efendi çile çıkarmadığı halde Dede unvanını aldı. Zekâî Dede’nin kudümzenbaşılığı 13 yıl devam etti. Klâsik Türk Mûsıkîsi repertuarının zamanımıza kadar gelmesinde Zekâî Dede’nin büyük rolü olmuştur. Sait Halim Paşa koleksiyonunun büyük bir kısmını Zekâî Dede okumuş, Nikoğos Ağa da yazmıştır.

Öğrencileri arasında oğlu Hafız Ahmet IRSOY, Rauf Yekta Bey, Dr. Suphi EZGİ, Şeyh Fahreddin Dede, Ahmed Avni KONUK, Kazım UZ, Ahmed Râsim Bey, Şevki Bey, Eğri Kapılı Mehmed Efendi, Hafız Hayreddin BİLGEN, Rıfâî Şeyhi Rıza Efendi, Ali Aşkî Bey, Dr. Ârif Ata Bey. Biraz ney üfleyen, fevkalade Arapça ve iyi Farsça bilen Zekâî Dede hayatının sonlarına doğru batı notasını öğrenmiş fakat ne bu notayı ne de Hamparsum notasını kullanmamıştır.

24.Kasım.1897 Çarşamba günü ölmüş ve Eyüp’de Kaşgâri Dergâhı yakınlarına gömülmüştür. Nota bilmeyişi ancak meşk suretiyle eserlerin ortaya çıkması zamanla bazılarının kaybolmalarına sebep olmuştur. Bugün elde bulunan eserleri: 5 Mevlevî âyîn-i şerifi, 1 mersiye, 1 tevşih, 2 teşbih, 4 durak, 39 şûgl, 78 ilâhî (dinî eserleri), 1 kâr-ı nâtık, 2 kâr, 40 beste, 8 nakış beste, 23 ağır semâî, 22 yürük semâî, 27 şarkı, 8 marş (din dışı eserleri). İlk büyük formlu eseri Sûzîdil makamında ve nakış ağır sengin semâî usûlündeki: “Dil hasret-i vasim ile nâlân gel efendim” mısra’ı ile başlayan ağır semâîsidir. Bir gecede koskoca bir Suzidil âyîn-i şerifini besteleyecek kadar kudretli bir bestekârın, hele eseri gerçekten büyük sanat değeri taşıyorsa, mutlaka dehâ derecesine ulaştığı kabul edilmelidir.